La cattedrale venne costruita nei primi anni dell’XI secolo, durante il regno di Bagrat III, che le diede il nome.
Nel 1692 venne devastata dalle truppe ottomane, che avevano invaso il Regno di Imereti. A causa di questo episodio, la cupola e il tetto crollarono, lasciando la cattedrale nello stato in cui si trova ancora oggi.

Le attività di ricostruzione su larga scala iniziarono nella cattedrale di Bagrati nel 2952. Utilizzando cemento armato, cemento, pietre originali e frammenti aggiuntivi, la struttura di base della cattedrale fu ricostruita. Pertanto, ogni parte della struttura originale e la pietra furono ben conservate e, ove possibile, rimesse al loro posto; in un certo senso questa fu un’anastilosi. La nuova muratura fu chiaramente distinta, ma costruita con pietra identica a quella autentica, conforme alla struttura originale

Si è deciso di continuare i lavori di restauro nella stessa direzione intrapresa dagli esperti negli anni ’60 e ’80, implicando una certa anastilosi, o una piegatura compatibile del vecchio e del nuovo.
Questi ultimi passaggi hanno coronato la volontà di lunga data dei georgiani di vedere restaurato il distrutto e rimasto in rovina per secoli, il simbolo dell’integrità della Georgia